ועדת הפרס התכנסה בראשותו של ד"ר חיים פרלמן ובהשתתפות החברים פרופ' גלעד דובשן וד"ר נורית סירקוס-בנק.
ועדת הפרס ציינה בנימוקיה כי יצירתו של יעקב אגם מהדהדת תרומה רבת שנים לאמנות הישראלית והבינלאומית במשך שבעה עשורים. לדברי הוועדה, אגם שבר את גבולות האמנות הפלסטית כפי שהייתה מוכרת וחידש שפות של אמנות קינטית ואמנות אופטית.
הוועדה ציינה עוד כי האלמנט החדשני המרכזי ביצירתו לאורך השנים הוא רעיון השינוי הפנימי, הן בתוך היצירה עצמה והן מנקודת מבטו המשתנה של הצופה. יצירותיו משלבות אלמנטים ויזואליים עם אלמנטים מוזיקליים בתנועה במרחב ובזמן, המשקפים מציאות דינמית ומתחדשת. יצירתו מבטאת תפיסה כי האמנות חייבת להיות ניידת ומשתנה, כשם שהמציאות עצמה נוצרת ומתעצבת ללא הרף.
פרס ישראל הוא הפרס החשוב והיוקרתי ביותר המוענק במדינת ישראל. הפרסים יוענקו בערב יום העצמאות ה-78 למדינת ישראל.